Jaman Kerajaan MajapahitPada akhir abad ke-10 kita tidak mendengar lagi kerajaan Hindu di Jawa Tengah, tetapi sejak tahun 929 prasasti-prasasi hanya terdapat di Jawa Timur.
Di Jawa Timur, sepertinya Agama Buddha dan agama Hindu-Shiva hidup berdampingan. Hal ini tertera dari prasasti-prasasti dimana seorang empu bernama Sindok disebut dengan gelar Sri Isana (sebutan Shiva) sedangkan putrinya menikah dengan Lokapala yang juga disebut Sugatapaksa (sebutan Buddhis). Juga ditemukan pengaruh Tantra pada kedua agama ini cukup kuat.
Dari kepustakaan keagamaan yang ada, didapat bahwa kepustakaan yang terkuno disusun sedemikian rupa, hingga terdiri dari ayat-ayat dalam bahasa Sanskerta, yang diikuti oleh keterangan bebas dalam bahasa Jawa kuno. Dari sini terlihat bahwa ayat-ayat itu berasal dari India. Jadi dalam karyanya pada masa itu orang masih terikat pada kebudayaan India. Kemudian selanjutnya orang-orang pada masa itu mulai menghasilkan kepustakaan yang seluruhnya ditulis dalam bahasa Jawa kuno dengan diselingi bait-bait dalam bahasa Sanskerta. Hal ini menunjukkan bahwa hubungan dengan kebudayaan India sudah mulai longgar. Dan terdapat kitab yang seluruhnya terdiri dari bahasa Jawa kuno, hanya kadang terdapat selingan dalam bahasa Sanskrit. Ini menunjukkan bahwa pengaruh kebudayaan India mulai ditinggalkan.
Ada dua buku yang menguraikan ajaran Buddhisme Mahayana pada jaman ini, yaitu “Sanghyang Kamahayanan Mantrayana” yang berisi mengenai ajaran yang ditujukan kepada bhiksu yang sedang ditahbiskan, dan “Sanghyang Kamahayanikan” yang berisi mengenai kumpulan pengajaran bagaimana orang dapat mencapai pelepasan. Pokok ajaran dalam Sanghyang Kamahayanikan adalah menunjukan bahwa bentuk yang bermacam- macam dari bentuk pelepasan pada dasarnya adalah sama. Nampaknya, sikap sinkretisme dari penulis “Sanghyang Kamahayanikan” tercermin dari pengidentifikasian Shiva dengan Buddha dan menyebutnya sebagai "Shiva-Buddha", bukan lagi Shiva atau Buddha, tetapi Shiva-Buddha sebagai satu Tuhan.
Pada jaman Majapahit (1292 - 1478), sinkretisme sudah mencapai puncaknya. Sepertinya aliran Hindu-Shiva, Hindu-Vishnu dan Agama Buddha dapat hidup bersamaan. Ketiganya dipandang sebagai bentuk yang bermacam-macam dari suatu kebenaran yang sama. Shiva dan Vishnu dipandang sama nilainya dan mereka digambarkan sebagai “Harihara” yaitu rupang (arca) setengah Shiva setengah Vishnu. Shiva dan Buddha dipandang sama. Di dalam kitab kakawin (syair) Arjunawijaya karya Mpu Tantular misalnya diceritakan bahwa ketika Arjunawijaya memasuki candi Buddha, para pandita menerangkan bahwa para Jina dari penjuru alam yang digambarkan pada patung-patung itu adalah sama saja dengan penjelmaan Shiva. Vairocana sama dengan SadaShiva yang menduduki posisi tengah. Aksobya sama dengan Rudra yang menduduki posisi timur. Ratnasambhava sama dengan Brahma yang menduduki posisi selatan, Amitabha sama dengan Mahadeva yang menduduki posisi barat dan Amogasiddhi sama dengan Vishnu yang menduduki posisi utara. Oleh karena itu para bhikkhu tersebut mengatakan tidak ada perbedaan antara Agama Buddha dengan Shiva. Dalam kitab “Kunjarakarna” disebutkan bahwa tiada seorang pun, baik pengikut Shiva maupun Buddha yang bisa mendapat kelepasan jika ia memisahkan yang sebenarnya satu, yaitu Shiva-Buddha.
Dari penjelasan di atas, kita mendapat kesan bahwa pada waktu itu Agama Buddha lebih berkembang dari agama Hindu-Shiva. Ini juga dapat dilihat dari kitab kakawin Sutasoma yang juga merupakan karya Mpu Tantular yang hidup pada masa pemerintahan Raja Hayam Wuruk, yang di dalamnya menceritakan tentang kemarahan Kalarudra (tokoh agama Hindu) yang hendak membunuh Sutasoma yang diceritakan sebagai titisan Buddha. Para dewata mencoba meredakan Kalarudra dengan mengingatkan bahwa sebenarnya Buddha dan Shiva tidak bisa dibedakan. Jinatwa (hakekat Buddha) adalah sama dengan Shivatattwa (hakekat Shiva). Selanjutnya dianjurkan agar orang merenungkan Shiva-Buddha-tattwa, hakekat Shiva-Buddha. Dalam kakawin Sutasoma di dalamnya juga terdapat kalimat Ciwa Buddha Bhinneka Tunggal Ika Tanhang Dharma Mandrawa. Dari kata-kata inilah kemudian diambil semboyan "Bhinneka Tunggal Ika" yang kini dijadikan lambang Negara Republik Indonesia yang melambangkan motto toleransi dan persatuan.
Begitu juga dengan kisah Bubuksah. Dikisahkan ada dua saudara, yang tua bernama Gagang Aking, menganut agama Hindu-Shiva dan yang muda bernama Bubuksah, menganut Agama Buddha. Sejak muda mereka hidup sebagai pertapa di gunung Wilis. Bubuksah makan segala sesuatu yang dapat dimakan sedangkan Gagang Aking menahan makannya, ia hanya memakan tumbuh-tumbuhan saja. Mereka pun berdebat mengenai dua jenis pertapaan ini. Sesudah beberapa waktu, dewa Mahaguru mengutus Kala Wijaya dalam wujud harimau putih yang kelaparan untuk menguji kedua saudara itu. Ketika harimau putih datang ke Gagang Aking untuk memakannya, harimau tersebut dinasehati oleh Gagang Aking untuk pergi kepada saudaranya yaitu Bubuksah, yang tubuhnya lebih gemuk daripada dirinya, sedangkan ia kurus kering. Ketika harimau itu tiba ditempat Bubuksah, ia disambut dengan baik dan dengan senang hati Bubuksah menyerahkan diri pada harimau itu untuk dimakannya. Setelah itu Bubuksah dilahirkan di alam surga.
Dari kisah di atas, jelas menunjukan sebuah polemik yang ingin menunjukkan keunggulan dari Agama Buddha, dimana Bubuksah sebagai seorang Buddhis yang menghindari praktik pertapaan yang ekstrem dan yang lebih menekankan sikap batin dibanding dengan apa yang dimakan dalam kehidupannya, justru mendapatkan kebahagiaan. Yang menarik adalah kisah ini dilukiskan pada relief candi Panataran yang merupakan candi untuk agama Hindu .
Meskipun Buddhisme dan Hinduisme telah menyebar di Jawa Timur, nampaknya kepercayaan leluhur masih memerankan peranannya dalam kehidupan masyarakat. Hal ini ditunjukkan dengan struktur candi yang di dalamnya terdapat tempat pemujaan nenek moyang, yang berwujud batu megalit, yang ditempatkan di teras tertinggi dari tempat suci itu.
Setelah Kerajaan Majapahit mengalami kemunduran pada masa akhir pemerintahan Raja Brawijaya V (1468 - 1478) dan runtuh pada tahun 1478, maka berangsur-angsur Agama Buddha dan Hindu digeser kedudukannya oleh agama Islam.